Sin dalla fine del 1929 Palazzo Venezia fu scelto da Benito Mussolini come sede del Governo e luogo in cui solitamente si tenevano anche le sedute del Gran Consiglio del Fascismo; vi era inoltre all’ultimo piano un appartamento privato del Duce e l’appartamento Cybo era a disposizione della sua amante, Clara Petacci.

In passato si era ipotizzata la presenza di un collegamento fra il vicino Vittoriano - l'Altare della Patria - al di sotto del quale i grandi ambienti di cava furono adibiti a rifugio antiaereo. Questo rifugio era però a carattere pubblico, ed è stato approfonditamente studiato e rilevato da Roma Sotterranea, che non ha trovato alcun segno di questa ipotetica galleria di collegamento.

Erano però insistenti le voci di un bunker realizzato appositamente per il Duce nei sotterranei di Palazzo Venezia. Ipotesi realistica: qui al primo piano, nella Sala del Mappamondo divenuta il suo studio privato, Mussolini passava molte ore della sua giornata, pertanto l'ipotesi secondo cui dovesse esistere un luogo nel quale gli influenti occupanti del Palazzo potessero rifugiarsi in caso di bombardamento era assolutamente realistica

Roma Sotterranea fu interpellata il 9 Marzo 2012 dalla Soprintendenza per i Beni Storici, Artistici ed Etnoantropologici del Lazio, per effettuare un sopralluogo ad alcuni ambienti sotterranei ubicati all’interno del complesso di Palazzo Venezia. 
La squadra di lavoro, effettuò una serie di videoispezioni ed un’analisi del complesso sotterraneo.

Bunker Mussolini Palazzo Venezia RomaGli ambienti si trovano al di sotto di una delle due torri di origine quattrocentesca del complesso di Palazzo Venezia.
Vi si accede tramite una lunga scala realizzata in mattoni che si apre sul pavimento di un ambiente utilizzato per molti anni anni come magazzino. Ai piedi della scala si trova un piccolo ambiente che reca le tracce di strutture antiche, di origine sia romana che medioevale. Si osservano muri in laterizio, strutture voltate ricoperte di intonaco, una piccola porzione di mosaico e, presumibilmente, la sezione di un condotto a cappuccina, oltre a muri a sacco e riempimenti realizzati con l’utilizzo di numerose scaglie di travertino. 
Sulla destra della scala, in direzione diagonale rispetto ad essa, si apre un breve corridoio, in parte realizzato all’interno di un muro preesistente ed in parte costruito in cemento armato. 
Il bunker, oggi dotato di un unico accesso, è a pianta quadrata, suddiviso in 9 quadrati regolari. Gli ambienti hanno circa le stesse dimensioni (3 x 3 metri circa), mentre l'ambiente centrale risulta apparentemente pieno o comunque oggi inaccessibile.
Tutte le aperture che consentono il passaggio tra i diversi ambienti sono collocate sul lato esterno degli ambienti stessi, ad eccezione di una. 
Piccoli tubi in cemento-amianto posizionati nella parte alta dei muri divisori interni collegano i vari ambienti, per probabili finalità di aerazione. 
Sono inoltre presenti numerose aperture nella parte bassa di molti muri divisori e di quelli che compongono il quadrato centrale, mentre non ve ne è traccia sui muri del perimetro esterno; le aperture sui muri divisori sono Bunker Mussolini Palazzo Venezia Romasempre presenti su ambedue i lati, servendo così due ambienti contemporaneamente. A seguito delle videoispezioni effettuate da Roma Sotterranea, si è riscontrato che in corrispondenza di tali aperture sono stati posizionati dei tubi in cemento-amianto, che corrono al di sotto del pavimento in corrispondenza dei muri stessi: è pertanto presente una piccola rete di canalizzazioni fra loro collegate che con ragionevole certezza converge verso l'ambiente quadrato centrale non accessibile.
Tutti gli ambienti risultano ancora grezzi, tanto che in alcuni di essi i ferri dell’armatura in cemento armato emergono numerosi dal pavimento; non vi è alcun segno di pavimentazioni, impianti elettrici o idraulici, non vi sono tracce di porte, sedute, bocchettoni metallici o valvole. Anche la porta di accesso non è stata presumibilmente mai posizionata, in quanto, in caso contrario, sarebbe stato possibile rinvenire i segni degli ancoraggi dei cardini.
Da notare inoltre due grandi nicchie, che forse avrebbero dovuto ospitare delle casseforti. Inoltre, un'irregolarità della muratura lungo una delle pareti esterne potrebbe far pensare ad una seconda via di accesso/fuga, sempre presente in un bunker.
La qualità della fattura del cemento armato, infine, risulta essere piuttosto scarsa, con inserti di ghiaia di notevoli dimensioni. 
E' pertanto realistico ritenere che la realizzazione di questi ambienti risalga allo stesso periodo di costruzione del bunker di Villa Torlonia, iniziato alla fine del 1942, e che, come per quest'ultimo, la loro costruzione sia stata interrotta a seguito della seduta del Gran Consiglio del Fascismo, che si tenne proprio a Palazzo Venezia a cavallo fra il 24 e il 25 luglio 1943 e che determinò  la destituzione di Mussolini e l’epilogo del Ventennio.

N.B. Il bunker di palazzo Venezia ad oggi NON è visitabile.