Il 22 luglio 1925, su invito di Giovanni Torlonia Junior, la Villa viene concessa a Benito Mussolini da due anni e mezzo Presidente del Consiglio. Il canone d'affitto richiesto è simbolico: 1 Lira all'anno.

Solo nel 1929 Mussolini vi si trasferisce in pianta stabile con la moglie Rachele ed i figli Edda, Vittorio, Bruno e Romano (Anna Maria nascerà nel 1929), prendendo alloggio nel Casino Nobile; seppur mantenendo per gran parte l'arredamento originale, le esigenze dei nuovi inquilini impongono interventi di natura diversa: funzionale, distributiva e decorativa. Viene riutilizzato il sottotetto per allestirci la cucina, spostata qui dal piano seminterrato e organizzato tutto il secondo piano, originariamente solo di servizio, con stanze da letto per i figli di Mussolini e per la servitù.

Al primo piano, nella stanza da letto del principe dorme il Duce, che ha il suo studio privato in una stanza attigua; la stanza di Rachele è sullo stesso piano, ma sull'altro versante della casa. La serra esistente sul fronte sud viene trasformata in un “corridoio di passaggio” che mette in comunicazione le due stanze da letto e all'interno del quale sono ricavati due bagni, a servizio delle due camere da letto.

I salotti al piano terra sono usati dalla famiglia per le attività di studio e per ricevere ospiti. Nella sala da ballo si svolgono i ricevimenti ufficiali, ma viene utilizzata anche per la proiezione di film.

Oltre ad essere il luogo dove spesso incontra personalità straniere, come Gandhi, Chamberlain, Htler o Laval, in Villa viene celebrato il matrimonio della figlia Edda con il Conte Galeazzo Ciano, il 24 aprile 1930.

La Limonaia, utilizzata in un primo momento come autorimessa, è adibita principalmente a cinematografo: tre volte alla settimana si proiettano i cinegiornali e film; vi si svolgono anche feste private, cerimonie pubbliche e incontri culturali.

Il Villino Medievale, in precedenza affittato dall'Istituto L.U.C.E., diviene dal 1938 l'abitazione del figlio Vittorio.

Nel 1941 Mussolini chiede ai Torlonia di usare anche il Casino dei Principi per la vedova del figlio Bruno, morto in un incidente aereo.

 

Mussolini a cavallo a Villa Torlonia con Bruno

Nel parco, il campo da tornei è trasformato in campo da tennis, un laghetto è prosciugato per realizzare un galoppatoio, mentre davanti al Casino Nobile Mussolini esegue i suoi allenamenti di scherma. Dopo lo scoppio della guerra una parte del parco è destinata a orto di guerra: sono piantati mais, insalata, patate, e anche viti, mentre presso le Vecchie Scuderie si allevano maiali, polli e conigli.

Domenica 25 luglio 1943, dopo essere rientrato alle 4.00 del mattino da Palazzo Venezia, dove si è tenuta la riunione del Gran Consiglio del Fascismo, che lo ha sfiduciato, Mussolini esce alle 9.00 per recarsi nuovamente al suo ufficio. Rientra alle 15.00, pranza ed esce poco prima delle 17.00 dal cancello sulla Via Nomentana per andare in udienza da Vittorio Emanuele III a Villa Savoia. Non farà mai più ritorno a Villa Torlonia: sarà infatti tratto in arresto su ordine del Re, dopo aver dato, almeno nella versione ufficiale, le dimissioni da Capo del Governo.

Nei giorni successivi la moglie Rachele si trasferisce nella casa del custode; il 2 agosto è prelevata dal Generale di Pubblica Sicurezza Saverio Polito e portata alla Rocca delle Caminate (FC).